Najstarším známym dokumentom o vlajke na dnešnom území Slovenska je zobrazenie kráľovskej zástavy na pečati mesta Nitry z 13. storočia. Vo Viedenskej obrázkovej kronike je vyobrazenie kráľovskej zástavy s dvojitým krížom na trojvŕší zo 14. storočia. V Turóciho kronike je vyobrazenie Uhorskej zástavy z 15. storočia.
Heraldické šráfovanie znázorňuje farby:
- modrá - vodorovne
- červená - zvislé
- zelená - šikmé
- čierna - mrežou
- zlatá - bodkovaním
- strieborná - biela čistá
Z dokumentu národno-revolučného hnutia Mikulášske žiadosti z 10. mája 1884 sa dozvedáme, že pôvodná slovenská zástava bola červenobiela, podobná zástave českej a poľskej.
Revolučné hnutie vnímalo cárske Rusko ako hrdý, nikým nepodrobený, najväčší nezávislý štát Slovanov. Svoju túžbu po slobode vyjadrili prevzatím a používaním ruskej vlajky, ktorú chápali ako všeslovanskú, aj keď skutočnú podporu a pomoc našli v Čechách. Oddiely slovenských dobrovoľníkov dňa 18.9.1848 pri prechode z Moravy na Slovensko prisahali na bielo-modro-červené vlajky s nápismi: Sláva kráľovi a slobode, Bratstvo a svornosť, Za kráľa a národ slovenský, Sláva šetkím Slovákom.
V Spišskej a Liptovskej petícii z roku 1868 sa píše, že Slovenský národ má mať právo používať svoju bielo-modro-červenú zástavu. Americkí Slováci mali slovenskú zástavu vo veľkej úcte. Dňa 25.11.1891 prvý debnársky spolok v Bayonne City vztýčil a posvätil prvú slovenskú bielo-modro-červenú zástavu v USA. Spolu s americkou zástavou mala tvar obdĺžnika. V roku 1918 po vzniku Československa, Česi používali historickú bielo-červenú vlajku a Slováci bielo-modro-červenú trikolóru. Zlúčením oboch vlajok vznikla v roku 1920 spoločná československá vlajka, ktorá sa používala až do roku 1992 s vynútenou prestávkou počas 2. svetovej vojny.
V rokoch 1939-1945 Slovenský štát používal vlajku s bielo-modro-červenou trikolórou. V súvislosti s obnovením a prijatím ruskej historickej vlajky ako štátnej vlajky Ruska, aby nedochádzalo k omylom a zámene, bol dňa 1.1.1993 na slovenskú vlajku pridaný štátny znak. Červený štít so strieborným dvojkrížom na modrom trojvŕší.
Symbol dvojitého kríža sa začal používať už v 7. storočí v Byzancii. Jednoduchý latinský kríž sa vysvetľoval ako kríž utrpenia. Dvojitý kríž sa vysvetľoval ako kríž vzkriesenia a víťazstva. V 9. storočí územie dnešného Slovenska bolo súčasťou Veľkomoravskej ríše. Byzancia mala záujem o tento silný stredoeurópsky štát o čom svedčí aj vyslanie misie vierozvestcov sv. Konštantína - Cyrila a Metoda.
V priebehu 10.-11. storočia bolo Slovensko začlenené do vznikajúceho Uhorského kráľovstva, ktoré prevzalo kultúrno-politické dedičstvo Veľkej Moravy a dvojitý kríž sa objavil na erbe a minci uhorského kráľa Bela III.
K šíreniu náboženského ale aj politického symbolu dvojitého kríža z Byzancie do iných krajín napomohli v 12. storočí viaceré rytierske rády - najmä rád Johanitov, neskorších maltézskych rytierov - ktoré prevzali tento symbol do svojich pečatí. Kráľ Belo IV. (1235-1270) po ničivom pustošení Tatárov usiloval o obnovu miest. Pozýval nemeckých kolonistov a udeľoval mestám privilegiá. Za jeho vlády začali mnohé mestá používať vo svojich pečatiach a erboch dvojitý kríž.
Tieto výsady dostali výlučne mestá na Slovensku v Hornom Uhorsku. Trojvŕšie sa pod krížom prvýkrát objavilo v 14. storočí v erbe uhorského kráľa Václava - Ladislava (1301-1305) a od 16. storočia symbolizuje trojvŕšie vrchy severných hôr. V strede najvyšší Tatra, vľavo Matra, vpravo Fatra. Teritoriálny symbol Horného Uhorska so zeleným trojvŕším sa stal symbolom národa žijúceho na Slovensku a po vytvorení samostatného štátu bol prijatý za štátny znak so zmeneným modrým trojvŕším.